Acceptée dans l'école de ses rêves, Lucy Nagako, une adolescente née avec des capacités surnaturelles et hors du commun, se trouve confrontée aux rudes épreuves de la vie. Ayant perdu sa mère à un jeune âge, Lucy a grandi seule, dans une famille au sein de laquelle son père se démène tous les jours au travail pour tenter à subvenir à ses besoins. Cependant, la vie de Lucy se trouble au cours de cette année et de nombreux fantômes de son passé resurgissent. Arrivée à l'Académie - une école prestigieuse qui ne recrute que des élèves nés avec de puissants pouvoirs -, elle fait la rencontre de trois élèves différents un peu spéciaux : Mia, Sai et Haru...